同治三年(1864年)，持续14年之久的太平天国运动被彻底镇压，大清国总算是逃过了一劫。可是当捷报送到两宫太后手里时，她们以及满朝文武却怎么也高兴不起来。因为他们知道，到了最后朝廷也是个大输家。政治、军事以及外交方面的打击自不必说，尤其是对脆弱不堪的清政府财政更是毁灭性的打击。
清政府为了这场战争共花费了多少军费呢?这个数字恐怕是连户部也算不起来，不过我们可以和嘉庆朝时期镇压白莲教起义做个对比。那次起义前后持续了9年多时间，参与的人数几十万，波及湖北、四川、陕西、河南和甘肃等5个省，据户部的统计，清政府为此花费了2亿两白银。
太平天国持续了14年，波及18个省，参与的人数难以统计，不管是从规模上还是体量上，都数倍甚至是十倍于白莲教起义，清政府为此直接支出的费用至少也有数亿两之多。有人做过统计，这个数字应当在4.2亿两左右，这还只是列入奏销的费用，其全部费用无法统计。
当时的朝廷户部几乎是空空如也，还背上了沉重的债务。为了解决财政短缺的问题，所以在扑灭太平天国运动后，作为一项战时经济政策的“厘金”制并没有取消，而是被长期保留了下来，为了是为失血过多的中央和地方财政补血。厘金制度的长期实行，不仅对经济发展产生了极大的负面影响，而且还影响到了政治层面。
从制度方面看，朝廷对厘金制只能在政策上给予支持而无法做出制度上的统一和指导，各省分别制定了厘金制，由于事情急切，对地方的情况又无法完全了解和把控，所以这些制度大多是在朝廷备个案而已，相关规定其实都是地方做主。对哪些商品征税、征收的比例是多少都有各省说了算，因而造成了征收名目的征收比例的五花八门。
从机构方面看，各地设立厘金局、卡，在哪里设、设多少都有督抚决定，户部对此毫无发言权，其人事任免自然也掌握在地方手中。在各地实践中，通常都用候补道员担任局卡的一把手，较为重要的也有候补知府充任。非常情况下，朝廷既无力对各地机构设置和官员任命情况一一过问，同时所设机构能否顺利开展征收也全仰仗地方，所以人事权力只能交给地方，户部和吏部完全无法发挥效力。
从厘金的使用情况来看，各省既已掌握了厘金的管理权，在使用上自然更加灵活和自主，以前各省实行奏销，虽也有留支，但都在户部的全程监控下，实行严格的收支两条线制度，该交的全部上交，该支的全部由户部划拨。
厘金的出现改变了中央与地方财政的格局，在户部无法对地方各地厘金有效监管的情况下，截留和坐支也就成了各省的福利，既然收支已不能严格实现两条线管理，原有的奏销制度也必然会产生松动。
奏销制是清政府二百多年来赖以管控地方最有力的经济手段，厘金对它的动摇是一个重大事件，既是财权的下移，更是中央权力向地方下移的标志，清政府的集权统治从此被分化，地方督抚拥有了更大的话语权。
与财政下移相应，地方督抚在人事上也获得了更大的权力。按照以往的制度，三品以上官员的任命由军机处题名呈送皇帝圈定，三品以下官员由吏部和地方督抚任命，武官则有兵部和总督、提督任命，实际上地方督抚的人事权十分有限。
太平天国运动后，地方督抚获得了更大的保奏权，司道以下的官员通常都是督抚直接奏定，甚至更高级别的官员任命督抚也有了发言权。曾国藩就曾以两江总督的身份保奏过浙江、江苏等省的巡抚。甚至，朝廷为了倚重那些手握实权的督抚，相邻省份的巡抚任命也往往会征求他们的意见。
由此可见，太平天国运动给清政府带来的不仅仅是经济上的打击，更为重要的还是政治上的打击。也就是从同治三年以后，清政府的集权制开始崩塌，此后的大清皇帝的权力严重受损，地方督抚日益做大，大清最终也不可避免地要走向灭亡。