位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，少年侦探团和毛利小五郎等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。真相究竟如何......
"针对你这4年傲慢无礼的执政期,在此施下天理不容的警告。我等对你这个奸臣的死刑，早已万事具备只欠东风。朝仓知事的生杀大权，早已在我等手中。"
12月的某一天，获得连任的东京都知事朝仓先生接到了谜一般的恐吓信。信中扬言要将朝仓知事杀害!
同时，阿笠博士和少年侦探团一行人进入了与东都线平行的隧道中。了解到恐吓信柯南也在关注着东都线的首发直播。
突然!柯南注意到在隧道中的紧急停车带有一个人，但没有停着车，手里似乎还拿着什么……
柯南突然醒悟过来，那个人手上是遥控器!柯南立即察看隧道顶端:一排的塑胶炸弹!
柯南在阿笠博士停车后，冲进隧道，想要阻止爆炸!可惜炸弹已被启动，柯南只得打电话给当时在列车上的目暮警官。得到消息后的警官们立即要求列车员停下列车!紧急制动开始!而柯南也站在隧道中央，阻止汽车进入隧道，以免造成更大伤害!
"嘭!嘭!嘭!嘭!"炸弹爆炸，列车掉入了下方的隧道!而前方是个拐角!如果停不下来的话...
"停下来!"
列车停了下来，没有掉下去。朝仓知事也安然无恙。
是怨恨朝仓的家伙预谋已久的犯罪吗? 为了追查不惜造成巨大惨案的危险罪犯，而朝仓知事在出任国土交通大臣期间建造北泽水力发电站的相关者中，难道没有人充满怨恨吗?柯南等人前往大坝的建造地新潟县……
在庆祝北泽村迁移5周年的纪念典礼上人山人海,呈现了一副热闹繁华的景象。果然,犯人就藏匿在其中。在柯南正要开始调查的时候，竟然在雪原上发现了死因不明的尸体!
同时，在昏迷了8年的立原冬马苏醒，给案件的侦破带来了线索。
在一步步的探索中，柯南与灰原发现了犯人的阴谋!他要炸毁北之泽水坝!
柯南未能阻止炸弹爆炸。在一阵阵的爆炸中，大堤崩溃了!大量的水倾泻而出!直接威胁到下游的北之泽村!柯南用尽全力，在最后关头引发雪崩改变了水流的方向。村子没事了，但柯南却被埋在雪中，无法动弹。
在黄金急救时间--15分钟里，人们能否救出柯南?柯南能否为自己搏得一丝生机?